1. 持有者身份：SE開頭的公務護照適用於中國各級政府部門副縣、處級以上的公務員，以及中國派駐國外的外交代表機關。而SE開頭的普通護照主要是為非公務原因出國的中國公民準備的。
2. 功能：SE開頭的公務護照是為了方便中國各級政府部門副縣、處級以上公務員因私人原因出國，如探親、旅遊等。而SE開頭的普通護照主要是為處理非公務事務而準備的。
總的來說，SE開頭的公務護照與SE開頭的普通護照在持有人身份和使用功能上有著顯著的差異，前者主要服務於較高層級的公務員，後者則面向更廣泛的普通中國公民。