費爾南多·穆斯萊拉很早就入選了烏拉圭國家隊，不過他始終擔任替補從未獲得出場機會。2009年10月，世界杯預選賽關鍵時期，穆斯萊拉臨危受命在烏拉圭隊的最後四場世預賽中擔任主力，他也用穩定的發揮回報了主教練的信任，幫助球隊獲得世界杯參賽權。
在世界杯1/4決賽烏拉圭對陣加納的比賽中，
加時賽最後時刻蘇亞雷斯用手擋出了加納隊的頭球，被主裁判以極刑，紅牌罰下蘇亞雷斯並給了加納隊壹個點球。吉安主罰點球卻打中了橫梁，烏拉圭幸運的躲過了壹截，把比賽拖入了點球大戰。前兩輪，兩隊戰成2：2平；第三輪，穆斯萊拉撲出了約翰·蒙薩綿軟無力的點球，烏拉圭3：2領先。第四輪，烏拉圭先是將球罰丟，隨後穆斯萊拉再壹次撲出了點球，這壹次是小將阿迪亞主罰。第五輪，烏拉圭隊沒有錯過贏得比賽的好機會。齊達內靈魂附體，阿布魯的勺子點球奠定了烏拉圭的勝局。他們挺進了半決賽，雖然接下來烏拉圭以兩個2:3不敵荷蘭、德國只得獲得第四名，但這也創造了烏拉圭40年來在世界杯上的最好成績，表現優異的穆斯萊拉功不可沒。
2011年美洲杯，烏拉圭門神出色的表現最終同隊友壹起奪得冠軍。四分之壹決賽對陣阿根廷，少打壹人的烏拉圭正是穆斯萊拉壹次次瓦解了世界最強攻擊線：梅西，伊瓜因，阿奎羅等壹次次的射門。把比賽拖進了加時賽與點球大戰。點球大戰中，穆斯萊拉幾乎判斷對了阿根廷每位射手的方向，並撲出了特維斯的點球。帶領球隊殺進四強。
決賽中又用指尖把巴拉圭的必進球托上了橫梁。賽後他與隊友調侃滑稽的親吻也讓球迷為之感慨歡慶。