第九輪 弗賴堡1-2拜仁，神奇小子托馬斯·穆勒上半時首開紀錄，下半時壹記威脅不大的傳球又被車杜裏送入自家球門，弗賴堡只是在最後時刻打進安慰球。
第十四輪，漢諾威96主場0比3負拜仁慕尼黑
第二十三輪，紐倫堡1-1拜仁，拜仁無緣追平單賽季10連勝的德甲紀錄。
第二十五輪，科隆1-1拜仁，舊將波多爾斯基在上半場任意球勁射破門，結束長達1425分鐘的聯賽進球荒。
第二十七輪，法蘭克福2-1逆轉拜仁，阿拉巴交學費，拜仁終場前崩盤
德國杯
第壹輪 內卡雷爾茨1-3拜仁慕尼黑
歐冠
小組賽
2009.09.30 拜仁慕尼黑0：0尤文圖斯
2009.10.21 波爾多2：1拜仁慕尼黑
2009.11.25 拜仁慕尼黑1：0 海法馬卡比
八分之壹決賽
首回合 拜仁2-1佛羅倫薩
次回合 佛羅倫薩1-2拜仁