即便是套利，期貨市場的流動性問題也會給產品的運行帶來風險。壹個市場如果沒有足夠的流動性，或者套利的兩個市場或兩個合約沒有相對對稱的深度和廣度，套利的規模、建倉、出場等就會產生問題，賬面利潤和實際利潤也會有很大的出入，甚至賬面利潤轉變為實際虧損。
例如在國內期貨市場中，壹個品種通常只有壹個月份作為主力月份（指的是成交量和持倉量最大的月份）。如果在壹個期貨品種上進行跨期套利的合約間隔時間比較長，近期合約和遠期合約的流動性不對稱風險還會存在。
在目前的期貨市場風險控制措施中，除了限倉和大戶報告制度外，交易所和唯壹的期貨交易中介——期貨公司在面對劇烈的行情變動時，可以采取提高保證金的措施來限制交易者的頭寸。當交易者的保證金因為行情不利變動而不足以支持頭寸時，期貨公司還能對客戶進行強行平倉，但是強行平倉往往只涉及到主力月份。“因此很有可能原先的套利頭寸會變為風險較大的敞口頭寸，套利交易被強行變為單邊投機，這個風險就不可測了.
因此，即便是商品期貨的套利交易也會面臨流動性不對稱等風險。商品期貨投資者除了對於商品價格的漲跌進行關註外，還需要對於整個商品市場的其他風險因素進行充分評估。盡管在通貨膨脹的背景下，商品市場的火熱表現令人垂涎，但對於自身風險承受力的恰當預估仍然是投資者首先需要做的功課。