套利交易是壹種風險小、收益穩定的交易方式。在壹般情況下，合約間價差的變化比單壹合約的價格變化要小得多，且獲利機會和風險大小都較易於估算。所以套利交易頗受資金量大或者風格穩健的交易者青睞。
從這個角度看，套利行為是支持市場有效性的關鍵力量，然而，在現實的金融市場中它的作用不可能充分實現。總結其局限性有以下幾點：
1.有些期貨合約沒有完全相同或者非常近似的替代品
能否為某種既定的證券找到完全相同或近似的替代品，是套利行為能否發揮作用的關鍵所在，如果有這樣的替代品，就能通過多種方法得到不同情況下既定的現金流。只有在能找到近似的替代品的情況下，套利者才能高拋低吸，糾正價格偏差，將市場帶回有效狀態。如果無法找到近似的替代品，套利者就無法進行這樣的操作。
同壹個品種不同交割月份的標的商品幾乎可以完全替代。因此，對於跨期套利而言，它的作用發揮得較好，不同交割月份的合約之間的價格偏差較容易被套利行為糾正。然而，跨商品套利和跨市場套利的作用顯得稍微弱些，因為套利頭寸的兩條腿壹般不能完全相互替代，如上海期貨交易所的銅和鋁、CBOT的大豆和大連商品交易所的大豆。這樣就不可能通過直接轉拋商品來兌現鎖定的套利利潤，而只有通過平倉對沖實現。壹旦碰到套利力量不足，價格偏差會進壹步扭曲，使套利者遭受損失，有時甚至不得不止損出局。因此，跨商品套利和跨市場套利壹般比跨期套利的風險大，當然，潛在的利潤也大。
2.噪音交易者風險
在噪音交易模型中，投資者被劃分為理性套利者和噪音交易者兩類，前者掌握較完全的基礎信息，後者則根據與基礎價值無關的噪音信息進行交易。噪音交易者往往會因為證券價格的上漲而過分樂觀，從而進壹步推高價格；同樣地，他們會由於證券價格的下跌而過分悲觀，從而進壹步打壓價格。這種由於噪音交易者心態變化導致對正常狀態更遠偏離形成的風險，我們稱之為噪音交易者風險。
任何在短期進行套利的套利者都必須承受這種風險。噪音交易者風險會使得理性套利者的行為發生變異。他們可能會“理性地”忽視對基礎信息的分析，而是轉向預測噪音交易者的行為，使得操作方向與噪音交易者相同，從而使價格的漲跌加速。從這個意義上講，理性套利者在壹定程度上轉化為噪音交易者，從而加大了證券價格的波動並削弱市場效率。套利者的這種行為傾向是導致套利有限性的主要原因。
3.套利的時間跨度
套利的時間跨度是套利者需要考慮的重要因素。短期內，價格偏差有進壹步扭曲的風險。對於進行短期套利的套利者來說，當他們面對的交易對手是噪音交易者時，這種風險是最主要的，因為，在噪音交易者的心態恢復到正常水平前，他們還可能進壹步走極端。大多數套利者管理的並非是自有資金，他們只是投資者的代理人。通常情況下，投資者對套利者的評價是看他們在壹個相當短期的表現，然後根據他們的工作業績支付報酬。
如果價格偏差持續的時間超過對套利者進行評價的時間，套利者的收入並不會增加，如果價格偏差進壹步扭曲的話，他們的收入反而會減少。而且，由於大多數套利者在進行套利時都會向金融機構或者個人投資者融資，他們必須支付利息，如果價格進壹步不利於套利者，隨著浮虧的增大，清算風險也將接踵而至。此種風險也會降低套利者對噪音交易者風險的承受能力。
4.逼空風險
套利交易必然涉及同時做多做空。在期貨市場中，有時可能發生逼空現象。不管是什麽類型的套利，如果做空的合約發生逼空現象，套利頭寸往往是虧損的，當逼空行為得不到終止時，價格偏差將扭曲到難以想象的地步。在許多新興市場中，由於對基本面變化得不到及時的掌握，對於逼空風險的擔憂成了套利行為的最大障礙。
5.交易成本
交易成本是套利者需要考慮的另壹個重要因素。在期市套利中，交易成本包括買賣期貨合約的手續費，如果涉及實物交割，還需要支付交割手續費。
此外，如果買賣缺乏流動性的合約，因較大的買賣價差而支付的相關成本可能會非常大，對套利者的限制也非常明顯。有時候交易成本會非常高，即使套利成功了，交易成本也會占套利利潤的相當大比重，例如滬銅的跨期套利。