1)堅持研究與評價緊密結合的原則。研究成果是科學評價的基礎。農業地質環境評價必須廣泛吸收和利用多學科調查成果，充分挖掘調查成果和文獻信息，深入了解研究對象的特征，分析區域元素分布模式、異常與地質背景(成土母質)、土壤性質和環境汙染的關系。圍繞評價和區劃的實際需要，部署評價研究工作，結合示範區異常查證和調查結果，分析異常原因和汙染物來源，研究土壤-水-植物(農產品)系統中汙染物的遷移、循環、吸收和積累及其主要影響因素。
2)堅持評價的科學性原則。結合農產品安全調查、異常查證和示範區工作，把握典型異常、代表性地質環境單元、重要農作物或名優農產品，深入研究土壤-植物系統中元素和汙染物的遷移吸收規律及其與農產品安全的關系，將特定條件下的關系模型與區域統計規律研究相結合，指導區域環境質量評價和地方環境質量標準制定。
3)遵循從簡單到復雜、從低級到高級的評估工作流程。研究建立從單指標到多指標、單因素到多因素的方法體系，從具有成熟方法和標準的土壤、水等單因素現狀評價到探索性的綜合評價和預測評價。
4)充分利用新方法和新技術。面對農業地質環境調查的海量數據和綜合評價規劃需要考慮的復雜因素，充分發揮計算機技術在多信息綜合分析和空間疊加處理方面的優勢，是實現農業地質環境評價的技術途徑。比如作物適宜性的地質模型，需要考慮地貌條件、基巖地質、土壤類型、結構及其理化性質、水文地質條件、氣候因素、元素地球化學特征等環境因素和指標。地理信息系統使得這種多元信息的處理和地圖的空間分析成為可能。