1993年加入中糧。
1997年7月起歷任中糧期貨經紀有限公司副總經理、總經理。
2003年3月任中糧集團總裁助理兼中糧期貨經紀有限公司總經理。
2006年1月任中糧集團總裁助理，中糧期貨經紀有限公司總經理，中國糧油有限公司（香港上市公司HK606）油脂部總經理。
2007年2月任中糧集團總裁助理，中國糧油有限公司（香港上市公司HK606）副總經理兼油脂部總經理。
2010年4月任中糧集團副總裁，中國糧油有限公司（香港上市公司HK606）副總經理兼油脂部總經理。
2010年5月任中糧集團副總裁。
2013年10月，呂軍任中國儲備糧管理總公司董事、黨組成員、總經理。
2014年1月17日，呂軍不再擔任中糧集團有限公司黨組成員、副總經理職務。