1)，價格穩定。價格關系只有在壹定的時間和空間內才是相對穩定的，而這種穩定是建立在壹定的現實條件之上的。壹旦這個條件被打破，稅率、匯率、貿易配額、遠洋運輸成本、生產技術水平等外部因素的變化，都可能導致價差偏離均值後缺乏“回歸”。
2)市場風險。市場風險主要是指在特定的市場環境或時間範圍內，套利合約價格的異常波動。如果這種市場情況下的套利交易者不能及時采取相對措施，在交易所實施化解市場風險措施的過程中，可能會有盈利的頭寸被強制平倉，留下虧損的單向頭寸，從而導致整個套利的失敗。
3.信用風險。由於我國禁止未經授權的境外期貨交易，大多數企業只能通過在香港或新加坡註冊的小規模代理機構，采取各種靈活的方式進行場外操作，存在壹定的信用風險。
4)時間暴露風險。由於內外市場交易時間差，難以同時下單，必然導致時間敞口問題，增加跨市場套利的操作風險。
5)政策風險。政策風險，或稱系統性風險，是指相關商品進出口政策的調整，關稅等稅收政策的劇烈變動，可能導致跨市場套利的條件發生重大變化，進而影響套利的最終效果。