由於這種交易頻率很高，而且往往涉及壹攬子交易品種，因此大都是通過程序化操作實施的。 受制於制度的限制，國內的高頻交易與國外的高頻交易有本質的區別，國內高頻交易最多也只是日內快速交易。
近些年來，隨著參與高頻交易的投資者數量的增加，這個領域的競爭也是日趨激烈。誰掌握更快的速度就能占得先機，不斷的研發新模型也是保證高頻交易能不斷延續獲利的前提，因為壹個有效的模型生存周期是很短的。
風險也是有的，很容易出現系統故障，客觀上也存在不少缺陷。
首先，偏重於短線操作，以尋找買賣差價為目的，這固然沒有錯，但與長期投資以及價值投資的理念還是存在差異的。過度提倡高頻交易，顯然並不合適。
其次，高頻交易使得成交量得以放大，有效提高了資金使用效率，但因為純粹是基於投機目的流動，即談不上價值發現，也談不上資金的優化配置，很難對實體經濟產生正面的影響，對於股市功能的正常發揮恐怕也起不到什麽作用，其占比過大也非好事。
第三，高頻交易需要較高的技術含量，其本身的硬件與軟件投入就不少，因此必然是壹種少數人的遊戲，如果管理不嚴，其操作行為也容易對其他投資者構成誤導，成為弱肉強食的手段。 因此，怎樣在開展高頻交易的同時維護市場的公平與公正，始終是個無法回避的問題。在海外老牌市場，高頻交易經常受到各種輿論的抨擊，這幾年其規模也有所下降。
特別是2008年的國際金融危機後，壹些國家監管當局更加強了對包括高頻交易在內的各類金融創新產品的監管，現在高頻交易的市場占比普遍預計回落了30%左右，只有高峰時期的壹半左右。在我國，高頻交易還是個新生事物，但從壹開始對它就有不同意見，特別是在沒有實施“T+0”交易的條件下，高頻交易本身就存在邏輯上的不足。
在市場容量相對有限的情況下，其運行空間也備受質疑。 如果只是為了某個功利性的目的而盲目推廣高頻交易，那只能帶來不可預測的風險。這方面也有很多有實力機構和公司失敗的例子，目前也不建議去這樣操作所以公司的推薦也不合適。