德川中期以後商品經濟得到了極大發展，全國形成了以大阪、江戶、京都為中心的商品經濟圈。江戶是最大的全國消費市場。每天都有來自全國各地的商船滿載大米、酒類、鹽、手工制品在江戶港停泊。這些產品除了壹部分為上交給幕府與藩主的租賦外，壹半以上為進入江戶流通市場的商品。以大米為例，送到江戶的商品大米由米批發商賣給銷售商，經“舂米屋”加工後直接送往市場銷售，在嘉永（1848－1853）年間，僅江戶城就有這樣的“舂米屋”2700余間。
在大阪，於1697（元祿十）年，開設了堂島大米市場，1730年，堂島米會所成立，下設“正米商內”與“帳合米商內”。“正米商內”負責米券的發放，“ 帳合米商內”則進行相當於期貨交易的證券買賣活動。每年有100萬石以上來自畿內、九州、四國甚至東北的大米集中在被稱為“藏屋敷”的倉庫中，米商用購買的“米切手”（米券）兌換大米運往大阪堂島米市場進行銷售。
除了大米之外，酒的市場也在形成。幕府為穩定米價，曾於1754年下令解除對造酒業的限制，兵庫縣灘地方、攝津的伊丹、池田都成為著名的酒產地，興盛的酒制造業還吸引周邊百姓參加勞動。另外，鹽的產地主要是瀨戶內海沿岸諸國。17世紀，這裏出產的鹽占全國鹽市場的九成以上。
由於城鄉分工擴大，商品生產的流通、合作性日益加強。例如秋田的棉紡織業，其原料就來自藩外的大阪。這種生產方式打破了藩與藩的界限，使商品生產的市場日益擴大。
商品經濟的發展也把農民卷入了商品生產的環流。農村不僅僅是商品原料的提供地，同時也成為簡單加工業的工廠。商人會向農民統購壹定的手工產品，支付有限的加工費；地主富農開設手工作坊，雇傭農民進行生產等等，都是這壹變化的體現。
這樣，全國各地各地都出現了相對獨立的市場，資本主義生產方式的萌芽逐漸出現。
19世紀初，出現了由許多工人分工制造同壹產品的手工業工場。在農村，地主富農開設釀酒、醬油等手工作坊，雇傭農民進行生產。也有的商人提供原材料和生產工具如棉紗、織機等，組織勞動力生產商品。而在城市，手工工場的數量和規模都達到了相當大的程度。江戶時代上層社會穿著的華貴衣物和市民們消費的布料大多出自京都西陣的手工業工場。工場除了平織機之外，還擁有可以織出復雜花紋的“高織機”。西陣的絲織工場在18世紀達到極大的規模。1730年6月京都西陣織造工場遭受大火，損失織機3012臺，而這個數字只是全部織機的壹半，恢復後的工場，織機數量仍然達到2500余臺，可見當時西陣織造工場實力之強。除了釀酒、絲織，其他行業也相繼出現了手工工場。
商品經濟沖擊著封建領主經濟結構，促進了生產關系和農村的階級變化。首先，出現了壹大批豪商，他們利用商品經營中獲取的利潤，投資於土地墾殖和河川治理，成為擁有商品、錢莊河大量土地的商人兼地主。他們把資本轉化為土地，再通過租佃關系剝削農民，轉過來又用地租投入商業活動；其次，農民中也發生了分化，大批小農失去土地，淪為租佃農。小農的破產，從根本上動搖了幕藩體制。正是這種生產和階級關系的變化，推動了推翻幕府，建立代表資產階級利益的新政府的活動。