基差是指現貨價格和期貨價格之間的價差，所以基差的變化反映了現貨價格和期貨價格的相對趨勢。基差的變化會對套期保值的效果產生壹定的影響，通常稱為基差風險。為此，套利者需要形成壹定的風險意識。在成本可控的前提下，盡量提高股票組合約對滬深300指數的擬合度，做好期貨持倉的資金管理，使股指期貨現貨套利交易真正成為壹種“無風險”的盈利方式。
2.跟蹤誤差的風險
股票組合通常與指數組合不完全匹配。首先，由於滬深300指數樣本較大，構建相應的股票組合需要大量資金。其次，根據權重匹配原則，建倉時通常少於壹手(100股)。另外，套利者在正向套利時，如果遇到某個權重股的漲停或停牌，就要調整團票的構成。因此，股票組合通常與指數構成不壹致，從而形成壹定的跟蹤誤差。
3.強制清算的風險
當我們審視期貨市場時，股指期貨頭寸的建立所帶來的風險是不可忽視的。由於期貨交易的杠桿機制和強制平倉制度，套利者很可能面臨強制平倉的風險。比如套利者進行遠期套利(買入現貨，賣出期貨)後，指數向上收斂。此時，現貨頭寸是盈利的，期貨頭寸是虧損的。盡管總和是利潤，套利者的未來頭寸卻處於不利地位。如果指數繼續上漲，套利者需要追加全額保證金，否則可能被迫平倉。
4.影響成本風險
在構建股票現貨組合時，可能存在壹定的沖擊成本，即在計算套利時，交易價格高於(買入時)或低於(賣空時)股價，從而造成指數出現壹定的偏差，影響套利收益。事實上，套利者往往會對沖擊成本進行壹定的估計，以拓寬無套利範圍。但沖擊成本的預測精度仍然與套利決策高度相關，表現為錯過壹些套利機會或套利後收益為負。