國債市場的調節功能較弱
主要問題是我國短期國債缺乏，持有者結構不合理，場外市場發展滯後，直接制約了國債交易的活躍程度，使國債市場的流動性嚴重不足，中央銀行公開市場操作的頻率和輻射面受到了很大的影響。
第壹，我國在已經發行的國債中，大部分以中期國債為主，如1999年以來，財政部在全國銀行間發行債券總額中，中期國債占95.7%，國債的平均償還期限為6.6年，短期國債僅占4.3%。而西方發達國家短期(壹年以下)國債壹般占全部國債的40%～ 50%。而短期國債市場是壹個主要用於公開市場業務操作的市場，是中央銀行表達貨幣政策意圖的場所。在這裏，國債流通品種局限於能滿足公開市場業務需要的短期品種。因此，短期國債市場的缺乏，使中央銀行公開市場操作無法發揮應有的調控功能。
第二，國債的持有者結構不合理。國債在不同的投資者手裏發揮的功能是不同的。如果個人持有者所持國債比例較大，國債流動性就較差，二級市場交易就不活躍。國債市場主要發揮籌資的功能，如果機構投資者持有國債所占比例較大，則國債的流動性就強，二級市場的交易就活躍，國債市場的調節功能就強。
從20世紀90年代西方發達國家國債市場持有者結構來看，個人對國債的持有份額基本上保持在 10%左右，而商業銀行、***同基金管理機構、社會保障基金管理機構和商業保險公司及其他金融機構等機構投資者則成為國債的主要持有者。1996年底，在國債持有結構中金融機構持有的比例，美國為50%，英國為80%，德國為60%。這樣的格局不僅便利了國債的發行，而且市場流動性較強，因為在國債市場上尤其是短期國債市場上，最適宜於中央銀行進行公開市場操作的應當是機構投資者，只有機構投資者才會出於流動性管理的需要而頻繁地進行國債交易。為中央銀行公開市場操作提供足夠的證券來源。
我國自20世紀80年代以來，國債的發行對象主要是個人、企業、機關事業團體等。從1993年開始，國債的持有者就開始集中在個人、金融機構及社會保障基金等部門。其中個人是國債的主要持有者。從1992年到1998年的有關統計數據上看，個人國債持有量占國債發行量的比例從未低於50%，有些年份高達70%以上，新發行國債的40%左右也都被個人投資者認購了。近年來，銀行間債券市場發行的大量國債和政策性金融債，大部分被商業銀行持有，商業銀行持有債券的比重雖然逐漸增大，但也僅占到銀行全部資產的10%左右。這種以個人投資者為主體的國債持有者結構，壹方面增加了國債的籌資成本，另壹方面使可流通國債數量嚴重不足。因為個人投資者壹般都屬於期滿兌付型，而且個人進行國債交易很不方便，成本高，降低了國債的流動性，嚴重阻礙了國債市場調節功能的發揮，使公開市場操作缺乏足夠的載體。
第三，國債場外市場發展滯後，嚴重制約著公開市場業務的進行。這是因為中央銀行開展公開市場業務操作時，吞吐國債的數量相當大，僅通過交易所集中競價、撮合成交難以滿足宏觀調控的需要，而場外交易為其提供了重要場所。發達國家國債絕大部分在場外交易。如規模居世界第壹的美國國債市場，其二級市場交易量的99%是在場外交易的。規模居世界第二的日本國債市場，1994年，其場外市場交易額占國內交易的99%。國債市場規模居世界第三的德國，近幾年來，其場外市場的成交額占全部成交額的85%—91%。而我國國債二級交易市場基本限於證券交易所中，其中上海證券交易所在國債二級市場交易中居主導地位，占上市流通量的90%以上。這種狀況顯然無法滿足中央銀行公開市場操作的需要。還有，加入WTO後外國資本尤其是外國“遊資”進入國債市場，必然伴隨著相應的金融風險。如果公開市場業務不發達，中央銀行則難以通過公開市場對國債的買賣來平抑這種風險。
第四，國債二級市場的流動性嚴重不足，大部分國債成為機構持有者的優質“不動產”，限制了市場基準利率的形成和中央銀行公開市場業務的操作。衡量流動性壹般有三項指標：壹是換手率的高低，二是大額交易是否會影響市場價格水平，三是市場交易量的大小。我國國債市場總體流動性不足，尤其是換手率不高，大額成交量對市場價格的影響較大，現貨交割量小。國債流動性不足必然會使國債二級市場上形成的市場利率無法及時、靈敏、準確地反映資金市場的供求狀況，中央銀行公開市場操作和規避利率風險的功能也必然受到嚴重限制。
由於目前我國短期國債發行品種較少，國債市場缺乏國債期貨和國債期權交易，由於銀行間債券市場交易不活躍，又不能進入交易所債券市場進行國債交易，使國債二級市場流動性較弱，從而削弱了機構投資者在國債市場上利用短期國債調度資金、利用國債期貨、國債期權對沖利率風險的功能。