跨期套利交易是國債期貨套利交易中最常見的，是指交易者利用標的物相同但到期月份不同的期貨合約之間價差的變化，買進近期合約，賣出遠期合約（或賣出近期合約，買進遠期合約），待價格關系恢復正常時，再分別對沖以獲利的交易方式。例如，2011年11月，某投資者發現，2012年3月到期的5年期國債期貨價格為106元，2012年6月到期的5年期國債期貨價格為110元，兩者價差為4元。投資者若預測壹個月後，3月到期的5年期國債期貨合約漲幅會超過6月的5年期國債期貨合約，或者前者的跌幅小於後者，那麽投資者可以進行跨期套利。
國債期貨基差是指國債期貨和現貨之間價格的差異。
基差交易者時刻關註期貨市場和現貨市場間的價差變化，積極尋找低買高賣的套利機會。做多基差，即投資者認為基差會上漲，現券價格的上漲（下跌）幅度會高於（低於）期貨價格乘以轉換因子的幅度，則買入現券，賣出期貨，待基差如期上漲後分別平倉；做空基差，即投資者認為基差會下跌，現券價格的上漲（下跌）幅度會低於（高於）期貨價格乘以轉換因子的幅度，則賣出現券，買入期貨，待基差如期下跌後分別平倉。
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