兩者是不壹樣的，具體區別如下：
1、可開通業務不同
（1）網上開戶不能開通創業；
（2）在櫃臺可以開通創業板。
2、開通流程不同
（1）網上開戶需要進行身份驗證、安裝數字證書、股東賬戶資金賬戶開設、回訪以及投資者教育；
（2）在櫃臺開戶則需要出示《交易結算資金銀行存管協議書》，辦理資金的第三方存管。
不過就算是在網上開戶，其實最後都是需要去銀行卡所在的銀行辦理相關手續的。
擴展資料
在網上開戶方式下，證券公司應要求客戶通過網上開戶系統選擇開戶營業網點。如客戶有效身份證明文件證件地址及客戶進行身份驗證時提供的銀行卡所屬地與擬開戶營業部均不在同壹監管轄區；
客戶應通過傳真、送達、郵寄等方式提供暫住證或其他相關地址證明材料(如三個月以內成功寄送至現地址的水、電、煤氣、固定電話、移動電話的收費單據或銀行賬單等)，對無法提供的，證券公司不得為客戶辦理網上開戶業務?。
《指引》還要求，證券公司對客戶提供證明材料存疑的，可通過技術等輔助手段予以進壹步核實，如核實客戶手機號碼或IP地址歸屬地與擬開戶營業部所屬監管轄區是否壹致等。
百度百科-網上開戶