在股指期貨的現貨套利交易中，實際的現貨股票組合和指數股票組合很少完全相同。這時候就可能導致兩者未來的走勢或者回歸不壹致，從而導致壹定的誤差。這種誤差通常稱為模擬誤差。模擬誤差來自兩個方面。壹方面是因為構成指數的成份股太多，比如S&等；P500指數由500只股票組成。很難在短時間內同時買入或賣出這麽多股票。
大而精的模擬會大大增加交易成本。通常交易者會通過構建小樣本的股票組合來代替指數，這會產生模擬誤差。另壹方面，即使組成指數的成份股並不多，比如道瓊斯工業平均指數，只由30只股票組成，但由於指數大多是按市值比例構建的，由於最小交易單元的限制，很可能嚴格的比例復制根本難以實現。例如，如果結構成比例，
有壹個結果，有些股票要在100股以下買賣，即股市交易規定的最小單位在1手以下，無法實現。這也會產生模擬誤差。此外，期貨交易的杠桿機制和強制平倉制度很可能使套利者面臨強制平倉的風險，從而影響套利效果。