耿建新教授的主要研究方向是上市公司會計、企業集團會計和審計理論與實務。在學術期刊上發表論文200余篇，其中在《管理世界》、《中國軟科學》、《經濟理論與管理》、《會計研究》、《審計研究》等重點核心期刊上發表高質量學術論文50余篇，多次獲得中國會計學會、中國審計學會、中國金融學會、中國人民大學優秀論文獎。他撰寫和編輯了20多部專著、教科書和譯本。專著《現代企業會計管理》、《衍生金融工具會計新理論》分別獲得北京市哲學社會科學第四屆、第八屆優秀科研成果二等獎。專著《企業集團會計管理》獲中國人民大學優秀科研成果獎，《商品期貨及衍生金融工具會計》獲西南財經大學優秀圖書獎。由他主編的《中國會計研究文獻文摘(1979-1999)》會計基礎理論卷，是中國會計學會重點推廣的學術名著之壹。他翻譯的《註冊會計師的職業——機會、責任和服務範圍》、《高級會計和審計》在會計和審計界產生了很大影響。由他主編的教材《審計學(第四版)》被評為2009年全國優秀教材。
耿建新教授在教學領域也取得了壹些成績。曾獲教育部國家教學成果二等獎。他教授的《企業會計》課程在2007年被評為國家級精品課程，他本人在2008年被評為北京市名師。
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