傅昆萁父親傅兆林涉嫌掏空凱聚案
傅昆萁父親傅兆林自1996年起擔任以制作磁磚聞名的凱聚集團負責人，因公司業績下滑，1999年傅兆林未經董事會同意即私自貸款1億2千多萬給子公司，再由子公司購買凱聚公司股票來維持公司股價，結果護盤失敗，造成子公司虧損，影響投資人權益。傅兆林為彌補資金缺口，指示總經理胡湘麒等人利用子公司支票作擔保，向鄭美鈴借款6千萬，但後來無法兌現，2000年2月，凱聚公司再與鄭女協議，以子公司股票為擔保，借款9300多萬元，事後以假交易、作假帳的方式核銷帳目，造成多家子公司損失。臺北地檢署於調查後於2006年3月7日將傅兆林等人依背信、偽造文書等罪起訴，傅昆萁則因無涉案事證獲不起訴處分。2010年9月25日，臺北地方法院壹審以違反證交法判處傅兆林有期徒刑1年9月、緩刑3年
傅崐萁涉嫌臺鳳炒股案
傅崐萁涉嫌自1997年7月間起，至1998年12月間止，委由林家榛向股市金主黃任中等人借得四億余元，炒作凱聚公司、昱成公司及長億公司股票，被依違反證卷交易法、洗錢等罪起訴，洗錢部分因證據不明確而獲判無罪。2009年6月11日，臺灣高等法院更壹審判處傅崐萁有期徒刑4年、並科罰金2千萬，理由是傅崐萁連續炒股嚴重影響金融市場交易秩序，且態度不佳，未見悔意，又無故不出庭。傅崐萁不服判決，已經向最高法院上訴。
傅崐萁涉嫌合機內線炒股案
2006年6月，合機電線電纜股份有限公司獲臺電“第六輸配電工程計劃”定單，合機公司董事長兼總經理楊愷悌欲借此利多讓股價上揚，找上當時是親民黨籍“立委”的傅崐萁合作，由合機以底價15元提供2萬張股票給傅崐萁炒作，並以超過底價之差價為傅崐萁的報酬。傅崐萁邀好友馮垂青、助理廖昌禧、股市名嘴張世傑（古董張）等人合作，並將其中5千張股票交給張世傑，約定差價為張的報酬。張世傑在其主持的電視節目散布合機利多消息，配合大量人頭帳戶交易炒股，使合機股票從92年10月每股15元，飆漲至93年1月的47元，平均賣出價27.92元，合計獲利約9千6百萬余元。炒作後，合機股價暴跌，其他投資人集體委托財團法人證券投資人及期貨交易人保護中心提出告訴。2008年2月5日，臺中地方法院壹審判處傅崐萁4年6個月徒刑，並科罰金5000萬元。後來傅崐萁和投資人保護中心達成和解，承諾賠償壹千多萬元。2010年6月18日，高等法院臺中分院二審依違反證交法判傅崐萁有期徒刑3年6月，並科罰金4千萬元。