非標準倉單與標準倉單在質押方面的差異主要體現在以下幾個方面：
首先，從概念上區分，非標準倉單是金融機構為客戶提供的壹種特殊擔保方式，它由倉儲公司出具，非轉讓且不具備貨物所有權，主要用於特定的授信業務。而標準倉單則是期貨交易所指定交割倉庫簽發的，具有流通性和貨權性質，可作為金融交易中的交割憑證或借款質押品。
其次，內容上，標準倉單的產生過程更為嚴謹，涉及預報入庫、商品入庫驗收等多個步驟，且能用於多種短期金融業務。相比之下，非標準倉單的業務範圍可能更為有限。標準倉單持有者享有更多選擇權，可以在指定倉庫選擇不同等級的商品提取。
在執行標準上，標準倉單以《標準倉單持有憑證》形式存在，由交易所代為開具，具有明確的法律效力。而非標準倉單可能因出具程序和主體資質的不同，其法律效力可能不如標準倉單清晰，存在潛在爭議的風險。
因此，非標準倉單與標準倉單在法律效力和適用範圍上存在顯著區別，投資者在進行相關業務時，需充分了解這些差異，以作出合適的選擇。