斷層作為描述地下水系統模型空間平面的數據類型，在建模過程中需要明確:斷層平面的空間分布、斷層在不同點的產狀以及斷層的水力性質。
故障數據主要以圖形的形式輸入，然後用於建模。飛機上的故障有兩種表達方式。壹種是畫出斷層走向，在平面上標註傾角，如平面或地質圖；另壹種是在剖面上畫斷層線。將這兩種圖結合起來，故障的空間分布就會壹目了然，故障的發生可以由系統讀取，也可以人工給出。斷層的水力性質是後期地下水模擬計算所必需的，可以存儲在數據庫中，也可以直接存儲在模型的斷層性質中。地下水系統地質結構建模對斷層的輸入方法是將MapGIS平面輸入和AutoCAD剖面文件輸入相結合，建立剖面空間模型。