首先，國內的交易場所比較單壹，股票只在交易所進行交易。而國外的情況則是大量的流動性存在於交易所以外，即使同壹只股票也會在多個交易所交易，目前NYSE股票只有25%左右的交易量是通過NYSE執行的。國外很多執行算法就是為這種條件量身定做的，比如各種智能路由算法，而在國內這些算法都沒有太大的用處。其次，國內證券市場的T+1交割制度使得大量日內交易策略不能得以實施，高頻交易策略更是無從談起。此外，股票市場缺乏做市商制度、可供交易的產品簡單、交易指令不夠完善等，都不利於程序化交易策略的開展。
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盡管如此，程序化交易在國內的發展前景依然良好。融券做空機制的推出大大增加了程序化策略的用武之地。此外自從2010年4月滬深300股指期貨被正式推出以來，大量的程序化套利策略紛紛出爐並創造出驚人的交易量。在國內的期貨交易所主要有大商所，鄭商所，上期所和中金所。中金所交易金融期貨，包括已經上市的股指期貨和國債期貨兩個品種，其他三個交易所交易的是商品期貨。中金所雖然只有股指期貨和國債期貨兩個品種，交易額卻已經占到了所有期貨產品的半壁江山，而且這兩種金融屬性的期貨產品很適合使用包括套利、趨勢和高頻等多種程序化策略進行交易。更為可喜的是，在2015年4月16日，中金所即將推出上證50和中證500兩個新的股指期貨交易品種，這更是各種程序化交易策略煮酒論英雄的良機。