1.抗藥性雜草
轉基因種子種植的作物會影響同壹地區的雜草。提高作物抗性的重組基因進入雜草，幾年後雜草也會產生抗性。這就需要使用更多的化學品，會影響農作物的食用安全。如果化學成分過高，食物就不能食用。
2.植物雌激素含量增加。
草甘膦的使用可以提高作物的草抗性，但也導致作物中植物雌激素含量的增加。植物雌激素會對包括人類在內的所有哺乳動物造成危害，兒童容易受到高水平植物雌激素的影響，這將是危險的，並帶來長期的健康危害。
3.未知毒素
轉基因種子和食品可能含有人體內從未發現過的未知毒素和過敏原。1989生產的L-色氨酸添加劑就是壹個很好的例子。這種添加劑已經造成37人死亡，對超過1500人的健康造成危害。通過添加劑中細菌的基因重組，在添加劑中產生壹種新型的有毒氨基酸。
4.負面影響的風險
轉基因食品的危險在於，它會帶來前所未有的負面效應。這種負面影響可能存在於兩種不同的轉基因食品之間，也可能存在於食品基因與某些藥物之間。由於轉基因作物時間短，新品種不斷出現，這種負面影響還沒有足夠的證據證明。
5.缺乏長期研究
轉基因食品缺乏長期研究和短期信息。政府假設轉基因食品和非轉基因植物的危害是壹樣的，所以不反對在食物鏈中使用轉基因食品是很可笑的。植物基因重組後，會存在嚴重的風險和安全隱患。目前沒有長期風險信息顯示這些食物是否有長期危害。
6.轉基因食品不貼標簽。
缺乏產品標簽是轉基因食品最大的危險之壹。在美國，轉基因食品占總食品供應量的四分之壹，也許更多。這些食品沒有標註轉基因，妳不知道哪些食品風險更大，必然會購買，妳無法保護家人的健康。
7.對人類基因的未知影響
我們不知道轉基因食品是否會影響人類基因。起初，科學家和研究人員認為消化過程會破壞重組基因，但最近他們在壹些年輕小鼠的大腦中發現了這些重組基因。這對嬰幼兒危害極大，給所有消費者帶來未知風險。
8.有些食物增加了脂肪含量。
用轉基因作物餵養動物會導致不可預知的結果。奶牛吃了壹些轉基因大豆後，牛奶中的脂肪含量會增加。這說明轉基因食品的安全性是傳統食品無法相比的。
9.昆蟲抗藥性
從長遠來看，旨在減少農藥使用的轉基因食品將導致化學品使用量的增加，昆蟲也會對常用農藥產生抗藥性。這帶來了昆蟲危害，影響了食物供應，導致食物短缺。
第二，轉基因的好處
1.解決食物短缺的問題。
2.減少農藥的使用，避免環境汙染。
3.節約生產成本，降低食品價格。
4.增加食物營養，提高附加值。
5.增加食品品種，提高食品質量。
6.提升生產效率，促進相關產業發展。