對於轉基因大豆，人們有兩大類憂慮，壹類是出於健康角度，壹類是出於生態角度，生態角度又包括產生超級雜草和影響中國的本土大豆品種兩方面。而綠色和平當前的戰役則是讓南順油脂有限公司提供非轉基因大豆油。
我們可以根據壹些基本知識和常識來分析這些憂慮有多大程度上是現實的。
從健康角度來說，就是轉基因的大豆油是否含有對人類有害的成分。對於食用油，我們知道其主要成分是甘油三脂，而轉基因大豆所轉移的基因的作用就是讓植物產生更多EPSPS酶，和植物油脂的成分沒有關系，所以大豆油的主題成分和是否是轉基因植物生產出來的無關，關鍵是是否有些微量成為混雜在其中從而影響人的安全。這些有害的成分被猜想可能來自以下幾個方面。第壹是所轉的基因片斷進入人體，影響人類的基因。第二是過多的EPSPS合成酶進入人體，從而以影響人類的健康。第三是所轉基因可能會有人類所不知的功能，是植物能合成壹些對人類健康有害的物質，並隨大豆油進入人體造成影響。第四是作物可能會被施以過多的草甘膦除草劑，這些除草劑可能隨大豆油進入人體，影響人體的健康。
對於影響人類的基因，這點可以說是完全不存在的。道理不難理解，如果所轉的基因片斷能影響人類的基因，那麽食物的常規基因也就同樣能影響，而對於人類來說，二者都是來自人體之外的外來基因，沒有區別的。從人的生理角度來說，人只能吸收小分子，基因是位於DNA上的，DNA是大分子，在消化道中會被分解成小分子的核苷酸。而DNA上所記載的遺傳信息的不同只是核苷酸的排列順序不同，如果被消化成了獨立的核苷酸，也就不存在排列順序了，不存在任何遺傳信息，也就不再是基因了。EPSPS酶是壹種蛋白質，蛋白質也是大分子，經過消化會變成氨基酸，酶也就不存在了，但是應考慮到人體是否能夠完全消化，若有部分殘留腸道內是否會有其他影響有待驗證。對於這個轉過的基因是不是有別的人們不知道的功能，這個憂慮也許是有可能存在的，但是如果有也微乎其微。所轉的只是功能比較單壹的基因片斷，人們對其功能比較了解，相反用傳統方法培養的新品種反而人類更難預料其效果。同時，現有的檢測手段尚未發現轉基因大豆油中含有對人體有害的成分，轉基因大豆油也已經被使用了相當壹段時間，也尚未發現因此導致人健康問題的實例。對於殘留除草劑的問題，首先並非是只有轉基因作物才用除草劑，而對於食品殘留除草劑等問題，是按照有關食品安全法規進行檢測的，這點可以不用憂慮。
從生態角度來說，首先，沒必要產生對抗草甘膦大豆成為超級雜草的憂慮，因為大豆只能抗草甘膦這壹種除草劑，並不能抗其它的除草劑，也並非能抗病蟲害，又沒有其它競爭優勢，轉基因大豆成為雜草的可能和傳統大豆沒有區別。大豆在中國種植了幾千年，並沒有形成嚴重的雜草。同時能抗除草劑的作物又遠不限於轉基因大豆。
對於影響本土大豆資源這壹點，也不必憂慮，這裏有兩個很關鍵的環節。第壹，大豆是自花授粉，第二，如今只是從國外進口轉基因大豆，並沒有在國內種植。而對本土大豆資源造成威脅，只有通過壹種途徑，就是轉基因大豆在本土大豆附近開花，和本土大豆雜交，使得本土大豆產生的後代具有轉基因成分。我們稍加分析就知道這個的發生幾率非常小。首先，我們並沒有種植轉基因大豆，如果大豆開花，那也就是從進入海關到在加工廠加工成豆油之間的這段時間有散落到地裏的大豆，或者有人把大豆偷出去種。這個幾率是很小的。而中國本土大豆的集中地在東北，而綠色和平主要反對的那個豆油加工廠位於深圳。如果在深圳流失了幾個豆子開花結果，壹代壹代傳下去，壹直傳到東北，這可不是那麽容易實現的。當然，並不是本土大豆品種都在東北，也不是豆油加工廠都在深圳，但是如果考慮距離因素，這個折扣還是要打的。即便是在本土大豆產區周圍已經有了很多轉基因大豆在開花，仍然不壹定造成很大的威脅，這就是因為大豆是自花授粉，雖然偶然會發生異花授粉而引起雜交，但是這個比率是很小的。而即使發生了雜交，雜交的後代產生優勢並足以讓本土某個或者很多品種消失則又有個發生幾率的問題，但流通到市場，農戶大面積種植後，後果是難以計算的。 轉基因大豆進入中國以後，大部流進入了外資背景的食用油加工企業，其產品很快占領了大部分市場，從而影響了中國大豆加工資源環境，不利於本土食用油加工企業的發展。中國本土的壹些食用油加工企業，由於使用的是非轉基因大豆等原料，與轉基因大豆油相比，價格較高，不具有競爭力，在轉基因大豆油的價格支配下，中國油脂企業效益急劇下滑，經營陷入困境。回望中國大豆市場被進口轉基因大豆主宰的過程，可以清楚地看到全球四大國際糧商（ADM、邦吉、嘉吉和路易達孚）極富戰略眼光，為吞下中國大豆產業意在長遠。首先，改變中國人傳統烹調油的飲食習慣；其次，國際糧商作為引進的外資，享受優惠政策，在中國相繼投資建起以進口大豆為原料的壓榨加工企業。與此同時，國內資本也涉足以進口大豆為原料的榨油領域，越來越多的國內資本進入大豆壓榨領域時，壓榨企業於是便遍地開花。於是中國的經濟學家、產業界沈醉於世界大豆壓榨重心東移，我們勞動力具有比較優勢，中國成為世界加工廠的進程加速，殊不知我們早已壹步步落入四大國際糧商的口袋中。
由於加工能力擴張，大豆原料緊張成了加工壓榨企業時時頭痛的問題。2004年，壹些內資壓榨企業決定成立采購團到美國購買大豆，以增加討價還價的能力。而就在采購團赴美前夕，美國農業部發布消息稱，該年度大豆欠收。當天美國芝加哥期貨交易所大豆價格猛漲，從先前每噸220美元暴漲到391美元，創15年來的新高。當中國采購團簽下巨額采購合同離美後不久，美國農業部出面澄清，新的數據顯示世界大豆產量將大增。芝加哥期貨交易所大豆價格迅速掉頭向下，暴跌至266美元。中國商人損失慘重，壹些企業破產。
不過，也有評論認為，采購團在下單之前過分宣揚（而不是保守秘密）是推高市場預期的原因，而並非壹個陰謀。
這時，四大國際糧商及時“雪中送炭”，讓瀕臨破產的中國壓榨企業繼續運營下去，條件是轉讓股權。由此四大國際糧商借機收購、控股了壹大批中國壓榨企業，完成對中國大豆壓榨加工產業的布局。數據顯示，全國97家大型油脂加工企業中，外資控制了64家，占66%，外資還占有中國進口大豆加工能力的80%。
在完全控制了中國大豆產業鏈的原料、加工、市場的各個環節後，國際大豆期貨市場再次興風作浪。受國際市場影響，2007年國內大豆期貨價格從年初2600元到年底時漲至4100元，2008年繼續飆升，7月達到最高5240元。短短18個月，價格翻了壹番。夏友富在2006年9月25日的轉基因國際論壇上公布了他的研究發現，“這並不是由需求產生的，而是由市場壟斷產生的。中國因為是世界上最大的大豆進口國，價格暴漲讓中國多付78億美元。”他說，“我們願意拿出數千億美元去國外買轉基因大豆，並多支付78億美元，卻不願意把錢補貼給農民。可能只要10億人民幣用於大豆種子的研究開發，就能讓中國農民用上更好的種子。”
更可怕的是，轉基因大豆試圖在中國進壹步擴展地盤，中國的腐敗分子及不法商人和美國轉基因大豆供應商聯合設套，想讓轉基因大豆混進中國糧庫。去年年末，黑龍江省糧食部門發現，壹些經銷商利用國家以優惠價格收購國產大豆的政策，將疑似進口轉基因大豆冒充國產大豆，賣給國家糧庫賺取價差。黑龍江大豆協會調查證實，11月，山東新昌食品公司拒收黑龍江佳木斯貿易商銷售的大豆，原因是其中混入了疑似轉基因大豆，此前，這家佳木斯貿易商銷售的壹直是黑龍江的國產大豆。可以毫不客氣的說，壹旦中國的糧庫裏充斥著轉基因大豆，中國的大豆產業就會全部被美國人所掌握，中國的國家安全也就越來越攥在美國人的手裏。
新華社2013年6月13日晚發布消息稱，農業部日前批準發放了三個轉基因大豆進口安全證書，但並未說明進口的是哪些國家。此前，曾有消息稱中國政府已批準進口阿根廷和巴西的轉基因農作物。