中國期貨保證金機構的主要職能有：監督期貨市場內各主體是否執行中國證監會期貨保證金安全存管制度；建立並管理期貨保證金安全監控系統，對期貨保證金等業務進行監控管理；建立並管理投資者查詢服務系統，為投資者提供相關信息查詢及其他服務；為期貨交易所提供相關的信息服務；監督各期貨市場參與主體的行為，發現有影響期貨保證金安全的行為，將與監管部門以及期貨交易所進行調查；研究並完善期貨保證金存管制度，不斷提高期貨保證金存管的安全程度和效率。