為完善我國農村金融服務體系，更好地貫徹落實國家產業政策和區域發展政策，促進農業和農村經濟的進壹步發展。早在籌備階段，農發行投資部就提出了“投、貸、租、債、期、險、擔保”全面推進的發展戰略，目標是構建“直接投資、銀團貸款、金融租賃、資產證券化、農產品期貨、農業保險、融資擔保”協同發展的模式。
1994年4月19日，中華人民***和國國務院，發出《關於組建中國農業發展銀行的通知》，批準了中國農業發展銀行章程和組建方案。
1994年6月30日，中國農業發展銀行正式接受中國農業銀行、中國工商銀行劃轉的農業政策性信貸業務，***接受各項貸款2592億元。
1995年4月底，中國農業發展銀行完成了省級分行的組建工作。
1996年8月至1997年3月末，按照國務院《關於農村金融體制改革的決定》增設了省以下分支機構，形成了比較健全的機構體系。
1998年3月，國務院決定將中國農業發展銀行承辦的農村扶貧、農業綜合開發、糧棉企業附營業務等項貸款業務劃轉到有關國有商業銀行，中國農業發展銀行主要集中精力加強糧棉油收購資金封閉管理。
2004年以來，中國農業發展銀行業務範圍逐步拓展。壹是根據國務院糧食市場化改革的意見，將傳統貸款業務的支持對象由國有糧棉油購銷企業擴大到各種所有制的糧棉油購銷企業。
2004年9月，銀監會批準農發行開辦糧棉油產業化龍頭企業和加工企業貸款業務。
2006年7月，銀監會批準農發行擴大產業化龍頭企業貸款業務範圍和開辦農業科技貸款業務。
2007年1月，銀監會批準農發行開辦農村基礎設施建設貸款、農業綜合開發貸款和農業生產資料貸款業務。
2010年，中國農業發展銀行已形成了以糧棉油收購信貸為主體，以農業產業化信貸為壹翼，以農業和農村中長期信貸為另壹翼的“壹體兩翼”業務發展格局。
2011年初，農發行從探索多元化經營、實現長期可持續發展的戰略角度考慮，決定開展投資業務，成立投資部籌備組，並將投資業務定位為農業政策性的投資業務。
2012年中國農業發展銀行正式成立投資部，擬進軍直接投資和資產證券化等領域，這不僅意味著該行商業化程度的進壹步提升，還昭示著其在綜合金融的道路上大步邁進。
2014年9月24日，國務院第63次常務會議今天審議通過了中國農業發展銀行改革實施總體方案。 農發行認真貫徹落實黨中央、國務院的大政方針，順應我國城鄉關系深刻調整的歷史趨勢，制定實施了“兩輪驅動”業務發展戰略，重點支持糧棉油收儲和農業農村基礎設施建設，為維護國家糧食安全、促進城鄉發展壹體化作出了不可替代的重要貢獻。