股東大會是公司的權力機構。公司設董事會，對股東大會負責，並行使股東大會授予的權力。董事會設執行委員會，作為董事會日常決策、管理、執行機構。董事會下設交易、結算、薪酬、風險控制、監察調解等專門委員會。
公司目前設總經理1人，副總經理3人。
中金所內設部門19個，臨時機構1個，下屬公司2個。分別是：黨委辦公室（董事會辦公室）、監事會辦公室、紀檢監察室、辦公室、交易部、結算部、監查部、法律部、信息技術部、市場部、研發部、財務部、內審部、人力資源部（黨委組織部）、投資者教育中心、國際發展部、股指事業部、債券事業部、外匯事業部。臨時機構為基建辦公室。下屬公司為上海金融期貨信息技術有限公司、北京金融衍生品研究院有限責任公司 。