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在超級計算中做信用分析

這麽多軟件,這些工具的環境都可以通過模塊的功能加載到自己的賬戶裏,提交計算。我們使用商業NGS裝配和比較工具Sentieon來演示整個過程:

1.獲得超級計算的VPN帳戶並使用Hillstone VPN工具登錄:

也可以根據實際計算需要編寫壹個執行腳本,然後提交給計算節點使用yhbatch進行操作。關於yhbatch的作業提交步驟,請參考:

Sentieon軟件功能

-該軟件可替代常規分析工具(gatk 4/gatk 3.7/Picard 2 . 9 . 0/BWA 0 . 7 . 15-r 1140)。同時,它具有以下突出特點:

-並行計算加速10–50倍,天河二號上單節點測試分析外顯子只需半小時,30X全基因組需要8小時。

-高深度測序區域沒有下采樣(GATK會對深度大於500的區域做下采樣),這對於高深度測序尤其重要,尤其是低等位基因頻率的變異。壹個典型的應用是ctDNA測序結果的分析。

-沒有運行間的差異:嚴謹的軟件和算法工程實現,消除了原GATK軟件中由於線程依賴、隨機采樣等原因導致的結果不可重復的問題。

-大量WGS的聯合調用:該軟件無需中間步驟,可實現多達65438+萬WGS數據的壹次性聯合調用,該功能已被軟件客戶廣泛使用。

- TNscope獲得夢想挑戰第壹名,自主設計的算法產品不僅可以改變調用結構,而且對於snv和indel給出了更高的準確率。

更多信息和細節請參考Sentieon中文網。

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