首先，現貨和期貨交易方式不同。目前我國股市實行T+1交易，期貨實行T+0交易。因為套利機會壹般都是短暫的，在現有的交易機制下，套利頭寸建立後的當天有可能回到盈利區間，但由於現貨T+1交易的限制，無法平倉，增加了套利風險，降低了資金使用效率。
其次，現貨市場缺乏做空機制。由於我國融資融券尚未完全放開，市場缺乏現貨賣空機制，遠期套利只能在股指期貨價格被高估時進行，而不能直接進行。
第三，交易成本的影響。交易成本包括買賣現貨和期貨的交易費用、市場沖擊成本等。套利要求套利者買入或賣出壹攬子標的指數股票。就滬深300指數而言，傳統套利需要套利者買入或做空近300只股票。由於各成份股流動性不同，完全復制指數時沖擊成本較高，交易規模越大，沖擊成本越高。
第四，保證金管理。套利交易具有占用大量資金的特點。投資者需要動態管理保證金，在合理的保證金水平上追求收益最大化。