1、交割成本高。由於保稅期貨交割需要涉及到保稅倉儲、監管和運輸等環節，因此交割成本相對較高，可能會對市場參與者的利益造成影響。
2、保稅倉儲風險。保稅期貨交割通常需要將商品存放在保稅倉庫中，因此存在保稅倉儲風險。這種風險包括保稅倉庫的質量問題、貨物丟失、損壞或假冒偽劣等問題。