任何事物都有兩面性，套利交易也不例外。除了上述優點外，還有以下幾處不足：
1、潛在收益受限制。
在許多投資者看來，套利的最大缺點是潛在的收益受限制。這是很正常的，當妳限制了交易中的風險，通常也會限制妳的潛在收益。不過，最終是否選擇套利交易，還得權衡套利的諸多優點和有限的潛在收益。
2、絕好的套利機會很少頻繁出現。
套利機會的多寡，與市場的有效程度密切相關。市場的效率越低，套利機會越多；市場的效率越高，套利機會越少。就目前國內的期市而言，有效程度還不高，各個期貨品種每年都會存在幾次較好的套利機會。不過，相對於單邊大趨勢，每年的套利機會也算多的了。
3、套利也有風險。
套利雖然具有有限風險、更低風險的優點，但畢竟還是有風險的。這種風險來自於：價格偏差繼續錯下去。合約之間的強弱關系往往在短期內保持“強者恒強，弱者恒弱”的態勢。假如這種價格偏差最終會被糾正，套利者在這種交易中也不得不遭受暫時的損失。如果投資者能承受這種虧損，最終就會扭虧為盈，但有時投資者無法熬過虧損期。況且，如果做空的合約遇到擠空現象且持續到該合約交割，那麽價格偏差將無法糾正，套利交易必以失敗告終。
套利交易其對應的交易對象和所制定的交易策略不同於價格單邊交易，兩者之間沒有絕對的優劣，是壹種獨立於單邊交易的投資交易渠道。而對兩者的取舍，很大程度上取決於投資者的風險偏好、投資風險和資金大小。
壹般情況下，套利交易所涉及到的合約間價差的變化比單壹合約的價格變化要小得多，屬於風險小、收益穩定的交易方式。所以，套利交易主要是大資金量，或者風格穩健的交易者的投資選擇。