第二類風險是利率的不確定性風險。期貨實行.逐日盯市”的結算制度，這要求套利交易中的期貨頭寸61;隨利率的變化而作出調整。如果未來的利率不確定。那麽這樣的調整就是不可行的.采用程序化交易進行套利也不是無風險的。
此外，計算機系統程序交易是經過歷史數據長時間驗證的交易模塊.在交易過程中無法保證Id次都獲利.所以在使用程序化交易時須長時間持續操作.才可能會有相對績效產生。其次.計算機系統程序交m的目的.在於讓我們了解未來預期報酬大於可能報失時，這項操作才會符合投資效益。換言之，投資人還需要註意程序可能造成的鼓大風險是否在承擔範R內。再次，計算機程序交易可以測試過去歷史數據以驗證交易績效，但是過去績效不能代表未來可能的績效。最後，在實際操作中，投資人也會因不同的資金運用策略而使得計算機測試結果產生差異。計算機系統程序交易為計算機的淵試結果，不應視為獲利保證。計算機程序交易無法預估價格可能會山現跳空或漲、跌停板等悄況.如果市場出現波動較大的情況時.程序化交易可能會對市場價格形成產生助漲或者助跌的不良影響，很多交易所都會對程序化交易子以限制乃至禁止。