(壹)資本市場結構方面的問題
1、投資主體結構不合理
我國資本市場投資主體結構不合理，投資者現在還是以個人投資者為主，機構投資者數量相對來說較少，兩者比重相差較大。個人投資者的投資行為主要是以投機為主，其投資行為取決於個人對證券產品的投資偏好，這種投資偏好的市場隨機性很強，增加了不穩定性；而機構投資者則更註重對上市公司基本面分析，選擇策略投資對象進行理性的價值投資，是穩定資本市場的重要力量。但是目前市場上養老基金、保險基金等機構投資者還比較弱小，難以適應投資的機構化的需要，阻礙了這種穩定資本市場功能的發揮。
2、上市公司結構不合理
(1)上市公司的股權結構不合理。主要體現在：①國家股、法人股等非流通股過於集中，導致“壹股獨大”現象；②公眾流通股的比重非常低，絕大部分股份不能上市流通；③流通股過於分散，機構投資者比重小；④上市公司的最大股東不是自然人，通常是壹家控股公司。上市公司的股權結構不合理導致了多方面的問題：由於國家股和法人股不能上市流通，國家股和法人股就始終占上市公司股份的主要部分，在這種情況下，國有企業雖經改制而成為股份公司，實質上仍然是原來的國有企業，很難期望它能真正轉換經營機制。這樣，上市雖然有助於企業在市場上直接得到資金從而緩解經營困難，但長期來看對其公司治理結構的影響未必理想。同時，在國家股和法人股始終占主導地位的情況下，流通股規模較小，很容易形成機構大戶操縱市場的局面，並且由於國有股不能自由地交易和轉讓，由市場所決定的資產兼並重組就不可能發生。在股市上所進行的企業並購只是在政府部門授意下才可能發生，這就決定了我國的股市難免投機盛行。
(2)上市公司組成結構不合理。主要體現在：①國有企業比重大，非國有企業比重小；②大中型企業比重大，小企業比重小；③國有控股上市公司多，企業整體上市公司少；④傳統產業上市公司多，高新技術產業上市公司少。例如，滬深兩市1200多家上市公司中，通過直接上市和買殼上市的民營企業所占比例只有16%左右；行業分布存在較大缺陷，傳統產業的上市公司數量太多，競爭性領域企業數量超過85%；有超過65%的股權不能流動，對社會資源造成極大浪費。
3、金融產品結構不合理
(1)傳統金融業務產品結構單壹。在銀行業，業務集中在信貸等傳統的零售業務領域，即使在傳統的零售業務中，也缺乏為企業提供全方位金融服務的系列產品，金融中介等批發業務嚴重不足；而國外銀行業在企業的整個發展期、成熟期，甚至二次創業中都會提供壹系列的金融服務品種。在證券市場，中國股票市場相對於債券市場發展迅速，同樣存在法人股、國有股的流通問題以及A股和B股的合並問題。
(2)金融衍生工具發展滯後。衍生工具是企業規避或分散經營與投資風險的重要手段之壹。1991年中國建立了期貨市場，但交易品種局限於綠豆、有色金屬等商品期貨，至今尚未推出利率、匯率、股指期貨以及期權、貨幣互換、股權互換等來規避金融風險。由於缺少組合投資所必需的金融衍生品，各類投資者行為趨同，容易形成市場的單邊運行，在宏觀經濟運行和金融調控方向發生變化時可能導致風險積聚。
(3)金融手段創新不足。在金融業全球化、壹體化的發展潮流中，各國金融業已借助電子技術的發展迅速實現金融業的電子化、網絡化，為在日趨激烈的國際競爭中提高競爭力、拓展生存與發展空間。中國銀行業和證券業已基本實現電子化，銀行、證券業務網絡化也已起步，但與國外發達水平相比還有很大差距。同時，由於體制問題，金融機構在電子化與網絡化過程中各自為戰，如各銀行的自動取款系統和結算系統獨立運行、互不兼容，增加了金融業電子化與網絡化的發展成本，也因規模不經濟和便利性不足而抑制了自身的快速發展。
4、資本市場層次結構不合理
我國資本市場體系結構單壹，缺乏層次性。首先，僅從方便監管、防範風險角度出發，形成了全國簡單劃壹的，以滬、深兩個交易所為中心的單壹資本市場，而缺乏適應市場需求的多層次市場體系。我國目前只有主板市場，雖然推出了中小企業板塊，但離真正的二板市場還有相當的距離，三板市場還遠未形成氣候，資本市場缺乏層次性，不能滿足投資者和籌資者多樣性投融資要求，產權交易體系尚未完善，資本市場體系發展不完善。
(二)資本市場制度方面的問題
1、體制方面的問題
我國資本市場制度方面的問題主要是體制問題。我國資本市場由於政府和行政機構的介入，行政化色彩較濃，是“計劃”的資本市場。首先，資本壹級市場受到行政壟斷，影響了市場融資體系的社會化和融資渠道的開通，地方政府為了保證地方財政收入，在選擇上市公司時很少考慮其成長性。所以，企業將主要精力放在“政府公關”和“包裝上市”上，而不是放在生產經營和結構調整上。很多上市公司上市前並沒有實質性改制，主要的目的是“圈錢”，沒能有效地利用圈來的錢。此外，發行市盈率也受到限制。券商不能發揮職責的原因之壹就是壹級市場“包賺不包賠”式的運作，投資者的利益得不到保護。1999年以前股票發行市盈率壹直受到嚴格限制，即使後來放松了對市盈率的限制，雖然壹級市場的收益率有所下降，但並沒有改變“包賺不包賠”的現實。其次，資本二級市場存在“政策市”的非正常現象。在我國的資本市場中，政府對企業有較濃的保護色彩，導致股票市場無法形成優勝劣汰的市場機制。“政策市”的存在，使得股市行情隨著政府態度的變化而變化。
2、機制方面的問題
從某種程度上說，體制方面的問題是造成我國資本市場緩慢發展的主要原因。正是由於體制滯後，我國資本市場存在競爭機制失效、約束機制弱化和激勵機制不健全等問題。
(1)競爭機制失效。在上市公司中，首先缺乏產權關系明確的市場主體，其次缺乏競爭機制形成的市場價格，導致資本市場不能形成有效的資源配置機制，行政機制在壹定程度上取代了市場機制。
(2)約束機制弱化。我國大部分上市公司都是有國有企業改造而來，存在著“轉軌”不轉制現象。主要表現在：壹是“翻牌”。將未根本改制的原名企業改為股份有限公司並建立相應的組織機構。二是“圈錢”。在上市中按溢價募集資金，力保配股資格，達到圈錢的目的。上市公司中，國有股處於控制地位，處於“產權虛置”狀態，上市公司原主管部門以國有股代表的身份對企業進行幹預，又不對後果負責；而且董事會的成員大部分來自大股東和企業內部，很難真正發揮監督的作用。
(3)激勵機制不健全。發達國家上市公司的經營者實行即時薪金與長期薪酬相結合的收入形式，具有較大的激勵作用；而我國只有即時薪金的激勵辦法，上市公司股票價格的變化與公司決策經營無利益關系。因此，導致了經營者不太重視企業的長遠發展，往往為了眼前利益而犧牲長遠利益。
3、規則方面的問題
資本市場的正常運行必須遵循市場經濟規律，以健全的法律體系為基礎。目前，我國尚未真正建立起壹套健全的法律體系，缺乏完整有效的市場監管體系和制度化的溝通協調機制。
各級監管部門的職能、層次不明晰，同時沒有壹套嚴密有效的措施來確保其履行職能，並使其承當相應責任，造成事後監管大量存在，降低了監管的效率。隨著證券市場的發展，證券管理機關的管理權威和效能還有待加強，監管所依據的法律法規尚不健全，滯後於證券市場的快速發展，增加了監管難度。例如：《證券法》已經出臺，但缺乏相應配套的實施細則和相關法律；《證券交易法》、《證券信譽評級法》等尚未出臺等。此外，《證券法》的制定、頒布和實施過於遲緩，影響了證券市場的發展。