Alpha Go程序的工作原理是基於深度學習的多層神經網絡。神經網絡處理圍棋棋盤的定位和形勢判斷，利用啟發式二維過濾、分類和邏輯推理進行決策。網絡通過反復訓練和參數調整來提高性能，逐漸進化到更好的狀態。網絡的具體思維過程是隨機的，通過大量的訓練，可以在圍棋中表現出強大的棋力。