(1)中山的地貌區，以玉景峰為中心，從西南的雲蓋峰壹直延伸到東北的大屋頭，就屬於這個地貌區，海拔1000~1800m，1000m以上的山峰也占整個山區面積的1/。50%。
(2)強淺切低山地貌區:鵝公嶺-王山、上橫潭-大源塢、九站地-上西坑均屬該地貌區，海拔500~1000m，切割深度100~500m，切割程度50%。
(3)弱淺切割丘陵地貌區:分布於林峰、中坑、雙溪、分水等地，海拔300-500m，僅有少數丘陵超過500m，切割深度約100-200 m，切割程度為
(4)弱淺切割低丘地貌區:面積較小，分布於地質公園南部的林峰和中坑地區，海拔200~300m，切割深度約60 ~ 150m，切割程度為
(1)以峰林為主體的地貌單元:三清山風景區中心區，包括南清園景區、禦景峰景區、萬壽公園景區，面積約6km2，平均海拔>；1000m，切割深度幾百米到壹千多米，切割程度50%以上。該區主要發育峰林地質遺跡。從玉景峰向東，峰林地貌壹般由高到低呈階梯狀，峰林高度從幾十米到幾百米不等。
(2)峽谷、陡崖、峰林組合地貌單元:主要分布在東溝澗-馬背山-雞公石澗-楊青大橋-風門-冰玉洞-上西坑，壹般海拔500 ~ 1000米。這壹帶峽谷、陡崖、峰林都很發育，三者同時並存。該地區峽谷走向不同，峽谷長度壹般為1km到幾公裏。峽谷的平面形狀為線形或曲線形，峽谷的橫斷面形狀多為深窄的V形。峽谷兩邊的巖壁壹般都很陡，陡崖也很常見。陡峭懸崖的高度從100米到數百米不等，經常可以看到山頂森林地貌。
(3)以峽谷為主的地貌單元:主要分布在下橫潭-大源塢-湯芳-金沙壹帶，海拔500~1000m，以各種走向的峽谷為主，長度從壹公裏到1公裏到十幾公裏不等。峽谷的平面形狀是線形的，而峽谷的橫斷面形狀大多是深而窄的。
(4)有礫石堆積的地貌單元:分布在平西、林峰、分水、金沙，海拔低於450米，是典型的山地窪地。由於第四系洪水沖積卵石的堆積，在窪地常發現礫石直徑10~15m的大卵石，最大礫石直徑30m，磨圓度較好。比如平西的“仙人趕石”，就是典型的第四紀卵石堆積地貌。另外，三清福地也是典型的山地窪地，海拔1450m，面積100畝，含第四紀卵石。花崗巖微地貌景觀三清山花崗巖峰林微地貌景觀類型主要有峰頂、峰頂、峰頂、石林、峰頂、錐頂、巖壁、峽谷、石刻景觀等9種類型，是研究花崗巖微地貌形成演化的重點區域。核心景區3780公頃範圍內，有48座奇峰、89塊石雕、384多處風景和景觀，堪稱世界花崗巖微地貌的天然博物館。雕刻出來的石景豐富精彩，主要是構造侵蝕和侵蝕形成的，石蛋很少。其中，“東方女神”和“山中走出來的巨蟒”是兩個標誌性的雕塑景觀，是世界上“獨特的風景”。
三清山花崗巖不僅微地貌形態多樣，而且在其形成演化的主要階段都保存了具有典型標型特征和完整暴露系統的遺跡。形態類型比較齊全。其中有六種罕見類型:花崗巖峰、花崗巖峰壁、花崗巖峰簇、花崗巖石林、花崗巖峰柱、花崗巖錐。
在峰、簇、壁、柱上，由於風化、侵蝕、不均勻崩塌和球狀風化，形成了壹些奇特而美麗的具有壹定形象意義的造型石，從成因上可以進壹步分為兩種。
壹、風化剝蝕形成的花崗巖造型石很少，標型實例有球形石(葫蘆石)和龜形石(探海龜)。
其次是花崗巖經侵蝕、沖刷、凹凸崩塌形成的雕塑石，如尖角石(任賢現指，仙姑太陽鞋、犀牛石、鶴壽頂、蝸牛戲松)和壹些獨特的石景(狐貍啃雞、葛洪煉丹、貍貓等老鼠、老莊談道)。瀑布、碧潭湖和泉水
三清山雨量充沛，水量充沛，徑流發育，瀑布眾多。主要瀑布8處，海拔壹般在500~1000m，主要分布在山體中下部，落差10~30m，寬幾米至幾十米。大多數瀑布都有“三層結構”的特點，即上端有壹個“石門”形出水口，中部是懸巖瀑布的主體，底部往往有壹個美麗的碧潭。瀑布的成因類型可分為斷裂型和侵蝕型兩種，如八旗龍潭瀑布、玉蓮瀑布、石堅瀑布和冰玉洞瀑布。
三清山碧潭多與溪流瀑布相連，清澈碧綠。碧潭湖占地10平方米，深幾米。碧潭湖的形成是內外地質力共同作用的結果，往往發生在地質構造斷層和節理的交匯處，是由石鼓灘、魚牛灘、五色碧玉灘等地表水不斷沖刷侵蝕而形成的。
三清山花崗巖體由於大量網格狀裂隙發育，富含構造裂隙水。此外，三清山雨水多，氣溫低，水分蒸發慢，森林茂密，還有構造裂隙水的滲透，造成了很多季節性的墜泉。它的水純凈、冰涼、甘甜，如古丹井、鹿泉井、袁泉和玉門泉。三清山屬於東亞中日植物區系亞區的華東，植物區系成分豐富，垂直分布明顯。共鑒定出高等植物253科984屬2373種，其中苔蘚植物65科165屬368種。蕨類植物34科，71屬，179種；裸子植物6科22屬24種；被子植物(148科，726屬，1802種)是我國亞熱帶地區最豐富的植物種類之壹，也是世界松科落羽杉屬植物的分布中心。該地區真菌和地衣的分布也十分突出。三清山的植物不僅種類豐富，而且保存了大量的珍稀物種，其中19種屬於國家重點保護野生植物名錄，19種屬於中國植物紅皮書。不僅如此，三清山還保留著許多百年以上甚至千年以上樹齡的古樹。
常綠闊葉林是三清山的地帶性植被，分布在海拔800米以下的丘陵地帶。常綠落葉闊葉混交林是中亞熱帶向北亞熱帶過渡的植被，主要分布在海拔800-1400米的山坡谷地。山地矮林是三清山植被的精華，主要由杜鵑花科的猴頭杜鵑、黃山杜鵑、西洋杜鵑、滿山紅組成，集中分布在海拔1000-1800米的山坡和山谷中。針葉林主要分布在海拔1100米的風門和海拔1530米的三清宮及其附近地區。山地草甸主要分布在海拔1550米的九天應元府附近。沼澤分布在三清宮北部和海拔1530米的山麓地帶。
明華
三清山四季有花，主要品種有杜鵑花、金銀花、海棠、瑞香、紅茶花、廣玉蘭、櫻花、梅花、含笑、鳳仙花、萱草、二月蘭科、伸筋草、水晶蘭、黃精、百合、桃花、雪中、越桔、野牡丹。
老樹
三清山古樹名花是三清山風景區自然景觀四大奇觀之壹，植物資源極其豐富。據調查鑒定，三清山的珍稀樹種有三清松、白豆杉、香果樹、華東黃杉、華東鐵杉、福建柏、木蓮、高山黃楊等。這些樹木大多受國家保護，不僅具有較高的經濟價值，而且具有較高的觀賞價值。
三清山的華東池杉也是江西省首次發現。是國家二級保護植物，稀有樹種。三清山華東池杉總面積8000多畝，每畝23株，最大蓄積15.23m？分布之廣，數量之多，極為罕見。
在三清山北麓，還有珍稀樹種如方竹、古銀杏、金桂、羅漢松、臭柏等。
藥材
三清山地處亞熱帶濕潤季風區，原始森林茂密，常綠針闊葉天然混交林，有效保存了大量藥材。
藥用植物和木本藥用植物。早在1971-1978，中國中醫科學院和北京市中醫院中醫科就多次派出醫療隊對三清山的藥用植物資源進行調查，隨後其他普查組也在三清山地區進行了多次調查。
三清山共有藥用植物349種，隸屬於124科。其中蘭科植物6科7種，地衣2科2種，苔蘚2科2種，蕨類植物14科23種，裸子植物6科8種，被子植物85科272種，單子葉植物9科35種。
從采集的藥用植物來看，三清山上的中成藥有紅藤、厚樸、鉤藤、杜仲、沙參、前胡、阿莎麗、麥冬、黃連、黃精、何首烏、銀耳、靈芝、金銀花、銀杏、白薇等。三清山已知的動物種類和植物壹樣繁多。已知野生動物1827種，其中脊椎動物401種，昆蟲1327種。脊椎動物中，哺乳動物22科67種(或亞類)，鳥類47科226種(或亞類)，爬行動物11科49種(或亞類)，兩棲動物8科23種(或亞類)。
三清山野生動物不僅種類繁多，區系復雜，還棲息著大量珍稀特有物種。其中，國家壹級保護野生動物有黑麂、雲豹、白頸雉、黃腹雉、秋沙鴨、金斑啄木鳥等7種，國家二級保護野生動物有獼猴、藏酋猴、穿山甲、豺、黑熊、雪貂、水獺、果子貍、靈貓、金貓等。《瀕危動植物種國際貿易公約》附錄壹列有10種，附錄二列有36種，附錄三列有10種。其中，中華鼠耳蝠和西藏酋長猴是三清山的特有動物。