上海自貿區肩負四項重大使命。
壹、貿易的自由化：即沒有海關監管、查禁、關稅幹預下的貨物自由進口、制造和再出口。上海的目的不是做集裝箱吞吐量最大的港口，而是做轉口貿易和離岸貿易。這裏面最核心部件有兩個，壹是吸引跨國公司總部，另壹個就是構架大宗商品交易平臺。離岸貿易的最核心是解決跨國公司的資金管制問題，自貿區內企業允許搞壹個國際資金池和國內資金池，當中設計有互聯互通的管道。這樣的貿易就是訂單和資金環節是在上海完成的，貨物未必經過上海的港口。
自貿區不會做成集裝箱的堆場，並探索同大長三角周邊地區的錯位競爭和協同合作。更重要的是，推進與自由貨物貿易相關的服務貿易的發展，特別是配套國際大宗商品交易平臺以及航運金融交易平臺，允許境內外企業參與商品期貨和航運遠期交易。在自貿區內將允許境外期貨交易所指定或設立商品期貨的交割倉庫，壹旦建成，將替代韓國釜山和新加坡LME倉庫的部分作用。這些設計不僅會促進相關的服務貿易、服務外包行業（包括融資租賃、檢測維修、審計會計等）的發展，還降低了跨國企業進行全球資源調配和商品價格風險管理的門檻和成本，將助力於自由貿易港的繁榮。