在封建莊園主中，最大的是桓武天皇平(桓武平家族)的後裔和清河皇帝(清河源氏)的後裔。他們兩人在鎮壓叛亂和農民暴動中為皇帝立下了汗馬功勞，為皇室和官員支付了巨額費用，從而獲得了皇室的信任，將中央政權掌握在藤原手中。
1155年，皇帝登基問題出現危機。平和源氏分別效忠不同的皇帝，最終為之而戰(保元之戰)。源氏戰敗，最後平獨攬大權，將和源氏排除在外。
1159-1160年，平遠兩家爆發了直接戰爭。最終，石平獲勝，無情地追求源氏，但並未鏟除根源...
1180年，安得天皇，平壽的孫子，登上了皇位。休養20年後，源氏再次挑戰平冢。平川之戰持續了五年，並以源氏與藤原聯合對抗平川的勝利而告終。最終，皇朝官員根來拜洋將軍，奪取政權，將日本政治中心移至鐮倉，建立了鐮倉幕府。
1199年，元賴朝死，平的後人北條上臺。他的兒子北條伊勢刺殺了元來朝的後代，讓元來京當了2歲的將軍，同時自己掌握實權。鐮倉時代的德川時代，有蒙古人入侵日本。日本雖然贏了，但是極大的消耗了幕府的實力。再加上之後不滿德川時代的武士以恢復天皇權利的名義聯合諸侯攻打鐮倉，鐮倉幕府滅亡於141。
叛亂後，軍閥足利口尊要求大河望任命他為將軍，但遭到拒絕。於是足壹尊師轉向光武帝(通稱北朝)，而圍棋大河望逃往南方，在吉野建都(通稱南朝)，日本南北朝時代由此開始。
“南北叛亂”持續了57年，以建立室町幕府的足木尊師的勝利而告終。
足本和統壹日本後，所有有功大臣都被封為親王，導致國內親王勢力過大。直到任瑩元年(1467)，著名的王子山王子和細川護熙將軍終於在京都開戰，這就是持續了十壹年的“任瑩之亂”。“任瑩之亂”中，幕府名存實亡，大臣玩弄政治，群雄並起。農民暴動頻繁，全國各地的權貴自立門戶。日本歷史上最著名的“戰國時代”開始了...
戰國時期，日本硝煙並立，各路名將爭奇鬥艷。其中，張偉領主野野村永織田(1534-1582)異軍突起。1560年，他殺了兵力十倍於自己的今川義元，然後奪取了易守難攻的稻葉山城，改稱“岐阜”，並授予“以武造天下”(以武得天下)的印章。這就是震驚日本的本野寺事件。
後來在中國(日本的地名)作戰的另壹部信長迅速回到京都(後來的豐臣秀吉)消滅了明智光秀，並在隨後的幾年統壹了日本，被天皇賜姓豐臣氏。然而，豐臣秀吉並不滿足於統壹日本的成就，他出身卑微，想要將整個東亞納入日本的版圖。為此他兩次入侵朝鮮，但都被中朝聯軍擊敗。1598年，豐臣秀吉死於悲傷和憤怒。豐臣秀吉死後，軍閥德川家康利用豐臣秀吉文臣武將之間的矛盾，掀起了與關元的聯合戰役。德川家康和他的政黨取得了勝利，康佳借此機會獲得了政治權力。1603年，建立江戶幕府(又稱德川幕府)。
德川家康摧毀豐臣氏家族後，日本再次統壹。德川幕府中後期逐漸腐敗，統治階級殘酷剝削下層民眾。在此之前，德川時代的日本各地都發生過騷亂，最終發展成大規模的募捐運動。最後，德川幕府15代將軍德川慶喜宣布將政權歸還給改革派明治天皇，通過明治維新結束日本的封建統治，走上資本主義道路。