1.申報方式不同:申報雙頭報關單需要使用特定的材料和單據，主要是代理協議，單頭報關單也有其對應的單據，這些都是不同的。
2.抵扣稅款不同:對於單頭申報，海關在開具關稅和增值稅發票時也會進行單頭申報。其實是雙頭申報，但是報關單是單頭申報，所以只有經營單位可以用這個稅單抵扣，收貨人不能用。雙頭聲明沒有這個缺陷，兩者都可以。
3、填寫內容不同:
在雙頭報關單中，填寫收貨人和發貨人時應填寫經營單位，填寫消費者和用戶單位時應填寫實際買方公司名稱，單壹報關單只填寫經營單位名稱。
雙頭和單頭的相似之處:無論書單進出口還是雙頭代理出口，外匯都是通過貨主所在公司收付的。
單頭和雙頭的優缺點:
單擡頭的優勢:更適合壹般納稅人企業，所有費用均為貸款開增值稅發票。
缺點:需要通過增值稅發票稅額計算公式計算企業繳納的稅款差額。
雙擡頭的優點:更適合小規模納稅人企業，不需要抵扣。
缺點:進口關稅，貨款余額，銀行手續費不可協商，不能抵扣，只能記賬。
查壹下，很好理解，就是出口時向海關進行進出口申報的進出口公司，負責進出口貨物的主要單位。壹般海關或者相關單位出現問題後都會找這家公司。
填寫報關單的擡頭:
1，報關表頭指報關的業務單元；
2、根據報關單的有關規定，報關單上的“經營單位”欄應填寫單位名稱和經營單位代碼。經營單位名稱和代碼為經營單位在海關辦理註冊登記手續時，海關給予的註冊名稱和10位代碼。
3、其他單據應與報關單上的單位壹致，應使用經營單位的全稱。