經濟適用房貸款的操作過程基本與商品房的個人購房貸款操作相同。壹般分為抵押貸款、質押貸款、保證貸款和抵押加保證貸款四種。
抵押貸款指借款者以壹定的抵押品作為物品保證向銀行取得的貸款。它是銀行的壹種放款形式、抵押品通常包括有價、國債券、各種股票、房地產、以及貨物的提單、棧單或其他各種證明物品所有權的單據。貸款到期，借款者必須如數歸還，否則銀行有權處理抵押品，作為壹種補償。
質押貸款是指貸款人按《擔保法》規定的質押以借款人或第三人的動產或權利為質押物發放的貸款。可作為質押的質物包括：國庫券(國家有特殊規定的除外)，國家重點建設債券、金融債券、AAA級企業債券、儲蓄存單等有價。出質人應將權利憑證交與貸款人，《質押合同》自權利憑證交付之日起生效。以個人儲蓄存單出質的，應提供行的鑒定證明及停止支付證明。
保證貸款指貸款人按《擔保法》規定的保證以第三人承諾在借款人不能償還貸款本息時，按規定承擔連帶責任而發放的貸款。保證人為借款提供的貸款擔保為不可撤銷的全額連帶責任保證，也就是指貸款合同內規定的貸款本息和由貸款合同引起的相關費用。保證人還必須承擔由貸款合同引發的所有連帶民事責任。
當前采用較多的是以所購的經濟適用住房房產作為抵押物的抵押貸款。其他三種在購房者允許的情況下，也可以選擇采用。