進化石門漁港毗鄰石門市。在日本占領時期，這裏是壹個小小的避風港。1933(昭和8年)修建了斜坡堤，但港內設施簡陋，多為傳統帆船，主要從事沿海漁業。在第二次世界大戰中被炮火摧毀。
1955由臺灣省政府漁業局出資改造，完成了32m北堤、40.7m南堤和1拖帶巷，可供當地小船、木筏停靠。
石門漁港在1973年發布實施的《石門城市規劃》中被列為港口用地，2019年改為港口專用區，並將增加相關使用規定。
1993年，臺北縣政府為改善香港入境條件，將港口防波堤延長58米，1997年將防波堤延長33米。擴建後，港口得到了改善。由於遊艇碼頭停泊區由港區南側的北海岸風景區管理處(以下簡稱北管所，現為北管處)建設，可容納30艘左右30噸級遊艇，但因產權問題、經營不善而閑置。為了維持系泊區的穩定，由北關投資將防波堤線向西轉向，延長約70米，阻擋東北浪。2000年，拖船車道因損壞而重建。2006年，時任石門鄉鄉長的梁推動了石門洞旅遊產業的轉型。經選區“立委”吳玉生與觀光局、北關辦事處官員協商，行政院同意分兩期補助，總支出6543.8+0.8億元，用於征地及景觀改造，包括石門漁港。漁港改善工程於2007年和2011年進行。
2014年以來，因為註冊漁船太少，被漁業部門列為二類港口，使用率低，不會給予補貼資金用於維修港內設施。
香港從事刺網和延繩捕魚的船只比北部沿海地區多，漁獲物用於捕撈龍蝦和龍蝦。魚、白腹魚等經濟價值較高的魚種主要直接運往附近餐館，龍蝦銷售主要通過富士漁港的魚類直銷中心直接銷售並出口日本。