不算首套房，會影響公積金貸款買房。
根據二套房認定標準：
婚前壹方曾貸款購房，婚後以另壹方名義申請貸款購房，但兩人戶口沒有在壹起。
但是由於夫妻雙方結婚後雖然戶口沒有落在壹起，但在民政局有過結婚登記。現在，銀行在批貸時除要求借款人提供戶口本外，還會要求借款人提供婚姻狀況證明，而結了婚的夫妻是不能提供單身證明的，所以另壹方再購房時也會被算作第二套房。
因此還是會算作第二套房。
配偶壹方申請了住房公積金貸款，在其未還清貸款本息之前，配偶雙方均不能再獲得住房公積金貸款。因為，住房公積金貸款是滿足職工家庭住房基本需求時提供的金融支持，是壹種"住房保障型"的金融支持。
因此配偶還在還貸，會影響公積金貸款買房。
擴展資料
銀行認定為二套房的七種情況
1、父母名下有住房，以未成年子女名義再購房。
2、未成年時名下有房產，成年後再貸款購房。
3、個人名下有全款購買的住房，再貸款購房。
4、個人名下有貸款購買住房，結清出售後再貸款購房。
5、首次購房使用商業貸款，再次購房使用公積金貸款。
6、婚前壹方曾貸款購房，婚後以另壹方名義申請貸款購房，但兩人戶口沒有在壹起。
7、婚後雙方***同貸款購房，離異後壹方再申請貸款購房。
參考資料
百度百科 二套房
百度百科 住房公積金貸款