1999年，國家助學貸款試點工作正式在北京、上海、天津、重慶、武漢、沈陽、西安、南京等8個城市啟動。
2000年2月和8月，國家對該政策進行了兩次調整，將貸款範圍擴大到全國高校，承辦銀行擴大到工、農、中、建4家國有獨資商業銀行，貸款對象擴大到研究生和攻讀雙學位的全日制學生，並將擔保貸款改為信用貸款。
2003年下半年，國家助學貸款出現了下滑現象，面臨停頓的危險。教育部、財政部、中國人民銀行、銀監會4部門對國家助學貸款政策和機制進行了重大改革，建立了以風險補償機制為核心的新政策、新機制。
2004年6月28日，新機制頒布實施後，實行貸款學生在校期間貸款利息全部由財政補貼、還款年限延長至畢業後6年。
2006年9月初步啟動的國家助學貸款代償機制等，為完善以國家助學貸款為主體的高校經濟困難學生資助體系奠定了良好基礎。