農業發展銀行主要負責審查企業的貸款條件和項目的經濟效益，審查貸款期限和額度的合理性，審查企業的還款能力和擔保措施；農發機構主要負責審查項目是否符合農業綜合開發配套政策(重點是促進農民就業和增收等。)以及優惠期和額度是否合理。
(2)貸後管理。
農業發展銀行負責在貸款期間監督檢查貸款的使用和回收情況。農發機構負責在貼息期間跟蹤項目建設成效，帶動農民就業增收。發現問題，雙方要及時溝通，按照各自的程序處理。
(3)綜合協調。
農業發展銀行總行客戶部牽頭進行貸款政策指導、監督檢查，並與國家農發辦溝通協調。國家農發辦主要負責貼息政策的指導、監督和檢查。
農發行總行客戶部對應的農發行省級分行客戶部負責與省級農發機構的溝通協調，並負責配合省級農發機構對地(市)推薦的項目進行初審；負責定期向總行報告貼息貸款的情況。省級農發機構負責本省貼息政策的實施和檢查；負責組織協調州(市)推薦項目的省級初審；負責定期向國家農發辦匯報相關工作。
農業發展銀行縣級分行、二級分行和縣(市)、地(市)級農發機構負責逐級推薦通過初選的項目；對已批準立項和貸款的項目進行日常跟蹤監督檢查。