1、可以申請再次扣款，如果是扣款日還沒有過的情況下，可以向扣款銀行卡中轉入充足的還款金額，然後向公積金貸款機構撥打電話申請重新扣款；
2、可以補繳，如果是單位繳納公積金扣款日余額不足，可以在後面補交，單位應當按時、足額繳存住房公積金，不得逾期繳存或者少繳；
3、如果是住房公積金貸款銀行扣還月供時個人還款賬戶中余額不足，則會記錄逾期信息在個人征信記錄中，不能補救，為了防止再次記錄逾期，應立即存入足夠的月供，待銀行再次扣還。
公積金還款需要的材料如下：
1、還款計劃表：包括還款期數、還款金額等信息；
2、銀行卡或存折：用於辦理還款手續；
3、身份證：用於確認還款人身份；
4、公積金賬戶信息：包括公積金賬號、密碼等信息。
綜上所述，公積金賬戶余額不足以還清本期還款金額，需要進行補繳。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第四條
中華人民***和國境內的用人單位和個人依法繳納社會保險費，有權查詢繳費記錄、個人權益記錄，要求社會保險經辦機構提供社會保險咨詢等相關服務。
個人依法享受社會保險待遇，有權監督本單位為其繳費情況。