補繳公積金差額主要有三種方式:
1，支票支付
2、使用其他繳費方式補繳住房公積金的，按相應的繳費方式辦理匯繳。
3、開通住房公積金網上業務的單位，可通過網上業務系統進行申報。
法律依據:《住房公積金管理條例》第二十四條職工有下列情形之壹的，可以提取職工住房公積金賬戶內的存儲余額:（壹）購買、建造、翻建、大修自住住房的；②已退休；（三）完全喪失勞動能力，並與單位終止勞動關系的；（四）出境定居的；（五）償還購房貸款本息；租金超過家庭工資收入規定比例的。符合前款第（二）項、第（三）項、第（四）項規定的，職工住房公積金賬戶應當同時註銷。職工死亡或者被宣告死亡的，職工的繼承人、受遺贈人可以提取職工住房公積金賬戶內的存儲余額；如果沒有繼承人或受遺贈人，職工住房公積金賬戶中的存儲余額將計入住房公積金的增值收益。