1、貸款利率差別
對申請人來說，最重要的還是貸款的利息。公積金貸款利率低於銀行貸款，5年以內的銀行存款利率為4.0%,5年以上為4.5%。而五年以上的商業貸款利率是6.55，各大銀行的貸款利率都會高於此。
2、貸款機構的差異
住房公積金貸款的主要經營單位為住房公積金管理機構，而商業住房貸款的經營單位為商業銀行。
3、融資渠道的差異
商業住宅貸款由各家商業銀行自有資金（也就是吸收的居民或單位的存款）提供，而住房公積金貸款的資金來源為職工本人和單位繳納的住房公積金；
而且，貸款的對象也是不同的，商業住房貸款的對象是經過銀行資信審查，有能力償還的，壹般都是信用狀況良好，有能力償還的人，而公積金貸款對象除了具備商業貸款所要求的條件之外，還必須是繳存公積金的在職職工。
4.二套定義：商業貸款僅以抵押抵押，不以住房為抵押，以住房抵押作為抵押。
公積金與商業貸款的首付款差別
1,首次申請公積金，且住房面積不超過90平方米者，可按住房價格20%申請貸款。購房面積超過90平方米者，首付款最低30%；
2,首套房商業貸款，首付款最低為30%。
3,商業貸款，也叫個人住房貸款，是由中國人民銀行核準的壹種商業和住房儲蓄銀行。
4,公積金貸款，是指職工個人所享有的貸款，按照國家有關政策，只要有公積金的人，都可以申請貸款。