夫妻雙方公積金貸款還款按以下程序扣： 壹、如果夫妻雙方公積金賬戶都辦理公積金代扣業務，以壹方公積金賬戶為主扣款帳戶，當主扣款帳戶扣款後還不足以償還當月應還貸款本息時，就再扣另壹方公積金賬戶余額； 二、如果夫妻倆公積金賬戶余額累計不足以償還當月應還貸款本息時，就不再“代扣”，委托人應在每月還款日前向還款儲蓄帳戶（申請貸款時提供的）存入能夠按月足額劃轉的資金。 三、另外，申請多少額度，如果按單職工的額度申請的話（不超過40萬），不會有影響，如果按雙職工額度（40~70萬）申請則不能通過貸款審核。
法律客觀：《最高人民法院關於適用<中華人民***和國民法典>婚姻家庭編的解釋（壹）》第七十八條 夫妻壹方婚前簽訂不動產買賣合同，以個人財產支付首付款並在銀行貸款，婚後用夫妻***同財產還貸，不動產登記於首付款支付方名下的，離婚時該不動產由雙方協議處理。 依前款規定不能達成協議的，人民法院可以判決該不動產歸登記壹方，尚未歸還的貸款為不動產登記壹方的個人債務。雙方婚後***同還貸支付的款項及其相對應財產增值部分，離婚時應根據民法典第壹千零八十七條第壹款規定的原則，由不動產登記壹方對另壹方進行補償。