1、確定合理的抵押物價值：對於抵押物的價值應該由壹個獨立的第三方機構進行估值，以此來確保抵押物價值公正、透明，並保證其與子公司的貸款金額相符。
2、設計合理的合同條款：在合同條款中應包含有關利率、借款期限、違約責任等方面的各種具體條款，以確保雙方的利益得到保護。
3、確保母公司沒有過度利用抵押權：為了避免母公司濫用抵押權來獲得未來影響子公司的控制權或獲得不正當的經濟利益，可以要求母公司向監管部門透露相關抵押信息。
4、加強監管和風險控制：為了保證子公司和母公司的信息及資產安全，可以加強監管和風險控制措施，以防止母公司資產因風險問題而崩潰，從而影響到子公司的穩定發展。
綜上所述，在處理母公司是抵押權人而子公司是債權人的情況時，需要借助獨立第三方機構以及監管和風險控制機制來確保利益平衡和交易公正。