首先，在業務流程方面，FTZ有簡化流程、縮短辦理周期的優惠措施，比如工商三證壹站式受理、註冊資本認繳制等等。這樣就節省了創業者註冊公司的大量時間，進壹步降低了註冊公司的門檻。
其次，自貿區繼承了外高橋保稅區原來實行的外貿關稅政策。在上海自貿區註冊公司，所有進口貨物都可以免除關稅(只有在貨物離開自貿區後)，而轉口貿易的關稅則完全免費。對於在上海自貿區註冊的公司，任何貨物(武器、毒品、汙染物品除外)都可以允許無限期以保稅方式存放或展示，海關不收取任何監管費用。FTZ公司所有貨幣均可自由兌換，無需結匯，減少匯率差。而且錢可以自由轉賬。這些都是進出口和外資企業看好的“亮點”。
此外，自貿區實行“兩免三減”政策，即外商投資企業從獲利年度起，可享受免征企業所得稅兩年、減征企業所得稅三年的待遇。公司註冊第壹年和第二年，增值稅退稅率高達16.25%；企業所得稅退稅率為20%；這些高額的退稅政策無疑是其他地方無法比擬的。
其實在FTZ註冊公司的優勢遠不止這些，比如資金貸款、外匯出入境審批、行業限制、周邊企業合作優勢、先進的經營理念等。，這些都是在FTZ註冊公司的優勢。
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