申請助學貸款的學生在畢業後的兩年內，應當在每年12月15日之前將需要償還的貸款本金和利息壹並存如申請貸款時註冊的 支付寶 賬戶，待系統扣款使用。自畢業後第三年開始，助學貸款如果仍未償清，則須按照 等額本金 還款方式償還本金及利息，最後壹次償還本金時須將所欠的所有的貸款本金與利息壹並付清。
申請助學貸款的學生如果要考慮提前還款，需要在每個月的1日到10日之間(除11月外)向貸款機構提出申請，助學貸款的還款日為當月的20日，無需通過國家開發銀或其他貸款機構的審批。但為了保證提前還款的順利，申請助學貸款的學生最好在還款月的每月15日前將應還貸款的本金和利息存入申請助學貸款時註冊的支付寶賬戶，如果系統未能成功扣款，則視為借款人放棄提前還款的申請。
如果不能按時歸還助學貸款，所面臨的後續結果也是非常嚴重的。壹旦不能按期歸還在上學時期申請的助學貸款，除了罰息，還會被寫入個人 征信 記錄，並向用人單位進行公示，對於剛剛畢業不的人來說影響是很大的。