(1)缺乏認識和及時的規劃和調控。政府低估了城中村發生和發展的後果，未能及時拿出有效的規劃和改造措施。
(2)移民安置的經濟和社會成本巨大。快速的城市化進程，使得原有的農村居民主動迎接城市化，充分利用城市化形成的級差地租，使得安置成本非常高，政府壹時負擔不起，於是采取回避的態度，任其發展。
(3)無法解決農民市民化的善後問題，如重新安排就業、解決其社會保障和生活來源等。
利益
城中村改造對於被拆遷居民來說，利大於弊。當然，也有壹些不好的問題需要考慮。
1.在“城中村”改造中，將“城中村”居民納入城市統壹的社會福利保障體系，社會保障由農村保障向城市保障轉變，實現保障方式的轉變，解決村民的後顧之憂。
2.很多村民因為收到巨額征地補償款或多套房產而壹夜暴富後，作為村民的心態依然未變。垃圾遍地，管理混亂，就像改造前的城中村。
3.很多村民除了房租，沒有其他收入來源。當這些沒有文化和技能的村民融入城市生活時，他們的未來是不可預測的。