1，逐次扣留，即發包人將按比例扣留工程進度款；
2.壹次性扣留，即發包人在工程竣工結算時壹次性扣留質量保證金。
在合同雙方無其他約定的情況下，原則上適用第壹種方式，即工程進度款逐筆扣留。這也是實踐中業主最常用的質保金留存方式。但如果實踐中承包人已按合同約定提交了履約保證金，這種常規的履約保證金保留方式將與竣工前已支付履約保證金和工程質量保證金不得同時保留的規定相沖突。考慮到合法性，今後發包人應盡量在工程竣工結算時壹次性扣留質量保證金，或要求承包人在工程竣工驗收後提交質量保證金。
法律依據:《建設工程質量保證金管理暫行辦法》第二條本辦法所稱建設工程質量保證金(以下簡稱保證金)，是指建設工程合同中發包人和承包人約定的，從應付工程款中預留的，用於保證承包人在缺陷責任期內修復建設工程缺陷的資金。缺陷是指建築工程質量不符合強制性標準、設計文件和合同約定的事實。缺陷責任期壹般為六個月、十二個月或二十四個月，可由雙方在合同中具體約定。第十條發包人收到承包人退還保證金的申請後，應在14天內按照合同約定與承包人核實。如無異議，發包人核實後14天內將保證金退還給承包人。逾期不還的，自逾期之日起，按銀行同期貸款利率計付利息，並由發包人承擔違約責任。發包人收到承包人退還保證金申請後14天內未答復，經催告後14天內未答復的，視為同意承包人退還保證金申請。不是交全款，而是按規定扣留壹定比例的質量保證金。根據我國民事法律規範，扣留比例可以通過協商自由確定，但不得超過工程總價的3%，否則扣留過程復雜，需要支付利息。